Altium Designer为可编程器件的内部配置及其PCB平台提供统一的设计环境。这有利于完整的FPGA-PCB共同设计，可进行 FPGA应用的快速开发。
由于项目连接于设计级，当FPGA还在开发时用户可以使用缺省FPGA配置开始物理设计流程。在FPGA开发进行时，更新的管脚和I/O分配可转换到板卡设计项目。FPGA器件的物理原理图表示可自动更新，反映出更新的I/O定义，使现有连接性不受影响。然后这些更新可转到PCB上。
Altium Designer从物理约束（用于驱动FPGA 放置和布线流程）提取出FPGA 设计，据此，用户可以在单个FPGA项目中维护多个FPGA配置。例如有一个配置定位于FPGA 开发环境，另一个配置定位于制造板的设计。这样用户可以无缝地在开发或FPGA制造建立间进行转移，进一步改进FPGA的并发设计和物理平台。
管理I/O同步
例如FPGA等可编程器件给板卡设计流程带来特殊挑战。通常这些器件具有大量管脚，其I/O特性和功能都不固定，而是由编制的应用程序决定。通常关键I/O管脚由 FPGA设计师决定，FPGA 位置和布线工具可自由地分配剩余管脚。
板级结果是管脚配置通常远未达到优化的PCB布线，传播I/O特性的流程（例如信号完整性分析）非常耗时且容易出错。而Altium Designer统一了FPGA 和PCB设计流程，完全支持 PCB和 FPGA项目间的I/O同步。这样即可向前或向后注释管脚分配改变，自动传播I/O特性以进行信号完整性仿真和差分对管理。
以FPGA实现优化布线方案
在PCB版图中部署FPGA时，用户可以定义在板级互换的管脚集合，在PCB 设计内部可手工交互管脚以改进布线，或让Altium Designer 自动优化连线，以更加方便地进行板卡布线。通过几次鼠标点击即可把管脚变化情况传播到FPGA项目中，然后以新的约束重新运行FPGA位置和布线流程。这样用户可以通过PCB和FPGA 布线选项中快速地重复，实现最优系统级设计方案。
在Altium Designer内电子产品可编程和物理元素的统一可充分利用大容量FPGA的优势。Altium Designer可有效地管理 FPGA在板级引入的复杂性，消除主流设计的应用障碍。